Promouvoir les aliments fermentés méditerranéens grâce à une meilleure connaissance de leur diversité microbienne (Projet Européen ERANET-Arimnet2, 7 partenaires de 6 pays)

Les objectifs de ce projet étaient :

- d’étudier et caractériser la diversité microbienne associée à 7 produits fermentés traditionnels du bassin Méditerranéen et leur dynamique au cours de la fabrication via des approches culture-dépendantes (i.e. préservation des ressources microbiennes isolées dont une partie à l’UBOCC) et -indépendantes (i.e. métabarcoding et métagénomique),

- d’identifier et sélectionner des souches dominantes bénéfiques

- et de mettre à profit ses souches lors d’études chez des producteurs artisanaux pour améliorer le contrôle de la fermentation et la qualité des produits.

L’ensemble de ces résultats ont contribué à une connaissance approfondie de la diversité taxonomique et fonctionnelle des microorganismes autochtones des aliments fermentés traditionnels

Valorisation scientifique : 4 publications ACL, 4 publications en révision, 5 communications orales, 10 communications affichées, évènements grand public : fête de la science, Nuit Européenne des chercheurs.

Penland, M., Falentin, H., Parayre, S., Pawtowski, A., Maillard, M. B., Thierry, A., ... & Deutsch, S. M. (2021). Linking Pélardon artisanal goat cheese microbial communities to aroma compounds during cheese-making and ripening. International Journal of Food Microbiology, 109130.

Penland, M., Deutsch, S. M., Falentin, H., Pawtowski, A., Poirier, E., Visenti, G., ... & Coton, M. (2020). Deciphering microbial community dynamics and biochemical changes during Nyons black olive natural fermentations. Frontiers in microbiology, 11.

Franciosa, I., Alessandria, V., Dolci, P., Rantsiou, K., & Cocolin, L. (2018). Sausage fermentation and starter cultures in the era of molecular biology methods. International journal of food microbiology, 279, 26-32.

Boussekine, R., Merabti, R., Barkat, M., Becila, F. Z., Belhoula, N., Mounier, J., & Bekhouche, F. (2020). Traditional Fermented Butter Smen/Dhan: Current Knowledge, Production and Consumption in Algeria. Journal of Food Research, 9(4).

Les champignons filamenteux sont une cause majeure de l’altération des denrées alimentaires et de ce fait, sont responsables de pertes alimentaires et économiques. Certaines espèces produisent des mycotoxines pouvant représenter un danger pour la santé humaine et animale. Le management de la qualité sanitaire des aliments repose notamment sur une bonne connaissance des espèces fongiques en cause et une identification fiable et rapide de celles-ci.  Dans ce contexte, l’objectif de ce projet impliquant le LUBEM et un industriel a été de développer la spectrométrie de masse Maldi-ToF pour permettre leur identification avec la construction d’une base de données robuste comprenant 6500 spectres issus de 136 espèces de moisissures représentées par 618 souches de l’UBOCC. Le potentiel de la technique pour l’identification d’espèces appartenant à des complexes d’espèces et la différenciation de souches issues de populations génétiques distinctes a également été mis en évidence.

Quéro, L., Courault, P., Cellière, B., Lorber, S., Jany, J.-L., Puel, O., et al. (2020). Application of MALDI-TOF MS to species complex differentiation and strain typing of food related fungi: Case studies with Aspergillus section Flavi species and Penicillium roqueforti isolates. Food Microbiology 86, 103311. doi:10.1016/j.fm.2019.103311.

Quéro, L., Girard, V., Pawtowski, A., Tréguer, S., Weill, A., Arend, S., et al. (2019). Development and application of MALDI-TOF MS for identification of food spoilage fungi. Food Microbiology 81, 76–88. doi:10.1016/j.fm.2018.05.001.