Les questionnements scientifiques de l'équipe « Ecosystèmes à composantes fongiques » s'articulent autour de :

La diversité des écosystèmes à composante fongique et leur dynamique

La physiologie des champignons filamenteux

Leur fonction dans l’écosystème et notamment l’étude des métabolites (désirables ou indésirables) qu’ils produisent

Leur maîtrise

Ces travaux sont appliqués dans 3 grands secteurs

Agriculture

Alimentaire

Environnement

Les approches mises en œuvre ont considérablement évolué avec l’utilisation d’approches globales comme les techniques de séquençage de nouvelle génération (métagénomique et métatranscriptomique, réseaux d'interactions) mais aussi la chromatographie couplée à la spectrométrie de masse (LC/Q-ToF, GC/MS), la protéomique, la génomique et le « silencing » de gènes ou encore la culture cellulaire.

Champignons et agriculture

Plusieurs projets ont porté sur la mise en place d’outils (méthodes moléculaires et culturales) pour caractériser les communautés fongiques issues de sols cultivés les caractéristiques écophysiologiques de ces communautés et leurs fonctions.

Plus précisément, les différents travaux réalisés portent sur :

l'impact des pratiques agronomiques sur la diversité fongique des sols cultivés
l'étude de la diversité des Colletotrichum spp.
l'étude des déterminants moléculaires de la pathogénicité de C. lupini
la recherche de solutions alternatives aux pesticides (biocontrôle)

Champignons et aliments

Ce domaine correspond au coeur historique des travaux du LUBEM, différents projets sont ainsi été menés sur:

• la caractérisation d’écosystèmes alimentaires complexes à composante fongique (en particulier de produits fermentés d'origine animale et végétale)
• la diversité structurale des moisissures fromagères ( P. roqueforti, Mucor et Bisifusarium spp. associés aux fromages)
• développement d'outils d'identification et description de nouvelles espèces
• l'étude de l'impact de facteurs abiotiques sur la physiologie des moisissures
• la diversité fonctionnelle chez les modèles d'études
• la description de voies de biosynthèses de métabolites secondaires
• l'étude l'impact toxicoilogique de la multi-exposition aux mycotoxines
• la migration des mycotoxines dans les aliments
• la recherche de solutions alternatives aux conservateurs chimiques (bioprotection) 

Champignons et environnement marin

Plusieurs projets ont porté sur la mise en place d’outils (méthodes moléculaires et culturales) et de bases de données (bases de données de séquences environnementales et d’isolats fongiques), la caractérisation des communautés fongiques issues d’environnements marins inexplorés, les caractéristiques écophysiologiques de ces communautés et leurs fonctions ou encore la description d’une nouvelle espèce de champignon marin.

Le travail réalisé peut être découpé en 2 volets connexes :

• étude de la composante fongiques des écosytèmes marins
• étude du potentiel biotechnologique d'isolats fongiques marins (bioremédiation pétrole et plastiques, molécules valorisables dont en santé)