Le LUBEM est le Laboratoire Universitaire de Biodiversité et d’Ecologie Microbienne, UR 3882 /USC INRAE 1504.
Le LUBEM est un laboratoire de recherche de l’Université de Bretagne Occidentale spécialisé dans l’étude de la biodiversité et de l’écologie des micro-organismes, et ce principalement en agro-alimentaire et en environnement.
Le LUBEM est une UR reconnue par le MESRI au titre du contrat quinquennal 2021-2027, et sa stratégie et son projet à 5 ans ont été jugés Excellents par l'HCERES en 2021. Le LUBEM est également Unité Sous Contrat INRAE (USC 1504) depuis le 1/1/2022.
Il regroupe les activités de recherche en microbiologie de l’UBO (Université de Brest) rattachées à l’Ecole Doctorale EGAAL (ED 600) « Écologie, Géosciences, Agronomie, ALimentation ».
Le laboratoire est associé à l'ADRIA Développement (Quimper) au sein de l’UMT TRANSISPORE ACTIA (2024-2028) portant sur la prise en compte des micro-organismes sporulés (bactériens et fongiques), pour garantir la sécurité et la qualité des aliments dans le contexte actuel caractérisé par de multiples transitions (climatique, énergétique, alimentaire…) et est membre de l'Institut Brestois Santé- Agro- Matière (IBSAM).
Le LUBEM est une composante de l'Institut Carnot AgriFood Transition et est laboratoire d'appui de la collection de cultures de l'UBO (UBOCC).
Le LUBEM regroupe des membres de différentes composantes d’enseignement :
ESIAB (Ecole Supérieure d’Ingénieurs en Agro-alimentaire de Bretagne atlantique)
IUT de Brest
IUT de Quimper
UFR Sciences et Techniques
Le LUBEM a 2 axes applicatifs :
Les travaux de ses équipes sont structurés selon 4 domaines d’études communs aux 2 axes applicatifs :
- Ecologie : identification, quantification et caractérisation des micro-organismes associés aux écosystèmes d’intérêt (agriculture, aliment et environnement marin), évolution des communautés microbiennes lors des variations de leur environnement.
- Physiologie : comportement des micro-organismes sous l’effet de de facteurs biotiques et abiotiques (dont approche de microbiologie prévisionnelle).
- Métabolisme : rôle des micro-organismes dans leurs écosystèmes, étude de métabolites à impact négatif ou positif (dont impact toxicologique) et de leurs voies de biosynthèse.
- Maîtrise : application de méthodes physico-chimiques et biologiques pour le contrôle de micro-organismes indésirables ( d’altération ou pathogènes).
L’étude de la biodiversité des micro-organismes et de leur écologie constituent des thèmes communs aux membres du laboratoire comme son nom l’indique.
Organisation et composition de l’équipe :
Le LUBEM est présent sur 2 sites géographiques (Plouzané et Quimper) et est structuré en 2 équipes de recherche correspondants aux 2 axes applicatifs décrits ci-dessus.
Directeur du LUBEM - UR 3882/USC INRAE 1504: Pr. Emmanuel COTON
Groupe 1
ESIAB, Plouzané, Axe "Ecosytèmes fongiques"
Responsable : Pr Jérôme MOUNIER
Mots clés : Champignons filamenteux, Bactéries, Agro-alimentaire et Environnement
Groupe 2
IUT-ESIAB, Quimper, Axe "Bactéries sporulées"
Responsable : Pr Louis COROLLER
Mots clés : Microbiologie prévisionnelle, dynamique des populations microbiennes, antimicrobiens, Agro-alimentaire
L’effectif au 30 juin 2020 de l’UR3882 est constitué d’enseignants-chercheurs universitaires (5 PR, 20 MCF -dont 12 HDR- et 1 ATER), 13 personnels BIATSS, 2 post-doctorants et 13 doctorants.
