LE PORTEUR DE PROJET : Jean-Luc JUNG
Maître de Conférences, HDR, Directeur du Laboratoire BioGeMME au sein de l’UFR Sciences et Techniques, Axe Mer de l’UBO
Spécialité scientifique :
- Analyse de la biodiversité intraspécifique et interspécifique par des approches moléculaires sur des modèles mammifères marins et poissons : identification d’espèces, taxonomie et phylogénie moléculaires, « code barre ADN », « metabarcoding », ADN environnemental (ADNe),
- Écologie moléculaire : influence des changements environnementaux sur les populations naturelles de mammifères marins,
- Application à la conservation du milieu marin.
Contexte et besoins identifiés
La gestion écosystémique du milieu marin est au cœur des politiques visant à conjuguer durabilité et croissance bleue. Ainsi la DCSMM (Directive-Cadre Stratégie pour le Milieu Marin 2008/56/CE) vise le bon état écologique du milieu marin et l’amélioration de l’état de conservation de la biodiversité marine.
En premier lieu, la DCSMM nécessite la mise en œuvre de moyens de monitoring. Parmi les nouvelles technologies émergentes, les approches de monitoring du milieu marin par génomique environnementale sont particulièrement innovantes. Ces approches permettent, par l’analyse de l’ADNe (pour ADN environnemental, ADN contenu dans un échantillon environnemental, d’eau de mer, d’air ou de sol par exemple), d’acquérir de nouvelles informations sur la biodiversité présente et sur l’impact potentiel des activités humaines. Notamment, une des approches d’analyse de l’ADNe, appelée « metabarcoding », aura pour but d’identifier les taxons (espèce, genre, famille, …) des organismes dont l’ADN est présent. Ce type d’analyse fonctionne déjà de manière très performante sur des échantillons de sol ou d’eau douce. Le Laboratoire français SPYGEN est un des leaders mondiaux pour la mise en œuvre de ces approches.
Mais, malgré les énormes possibilités offertes, l’application du « metabarcoding » pour l’analyse de la biodiversité de la macrofaune marine sur échantillons d’ADNe reste encore peu utilisée, car de mise en œuvre techniquement complexe. L’entreprise SPYGEN et le laboratoire BioGeMME de l’UBO ont signé une convention unique de collaboration dans le but de mettre au point des analyses d’ADNe appliquées à l’étude des mammifères marins.
Le projet et ses objectifs
Le projet CetADNe a pour but de développer une méthode innovante d'étude des mammifères marins en milieu naturel, de façon non invasive, grâce à l'ADN environnemental (ADNe). Mises au point et standardisées en eau douce et en milieu marin pour la microfaune, ces approches sont très prometteuses pour l'étude de la macrofaune marine.
Concrètement, il s’agit de pouvoir détecter, dans un échantillon d’eau de mer, toutes les espèces de mammifères marins dont l’ADN est présent. Une première phase de tests a déjà été réalisée en Guadeloupe en février-mars 2018, avec des résultats extrêmement prometteurs.
Ce projet est porté par une équipe largement transdisciplinaire, liant Laboratoires de Biologie (BioGeMME), d’Economie (AMURE) et le SUAPS. Il a une dimension de conservation du milieu naturel marin majeure, et est donc en connexion directe avec des acteurs du secteur (Parcs Naturels Marins, dont le Parc Naturel Marin d’Iroise, Agence Française pour la Biodiversité, CSCFAB d’Océanopolis), des sociétés privées (SPYGEN, Repcet), des structures associatives de conservation du milieu naturel (WWF, souffleurs d’écume, GIS3M).
Ce projet apportera au sein de l’UBO une expertise unique au niveau international puisqu’aucun laboratoire ne maîtrise encore cette approche. Cette expertise sera aussi pertinente au niveau local, notamment au sein de l’axe mer de l’UBO. En effet, les analyses d’ADNe mises au point ne seront pas restreintes aux mammifères marins, mais seront aussi applicables à d’autres taxons marins, mobiles ou non, dont des espèces d’intérêt commercial. Ces outils seront donc ouverts aux autres laboratoires de l’UBO.
Le soutien de la Fondation UBO permettra à BioGeMME de s'équiper du matériel nécessaire à la réalisation des prélèvements. L'année 2019 devrait voir les premières analyses réalisées en mer d'Iroise, en Méditerranée dans le sanctuaire Pélagos, si possible à Madagascar et dans les Antilles françaises (sanctuaire AGOA).