Issue des travaux de thèse de Charlotte Réant, doctorante au sein du laboratoire universitaire de biologie et écologie microbienne (LUBEM), une étude publiée en février 2026 dans la revue Food Microbiology s’intéresse pour la première fois à la production et la migration des mycotoxines dans les tomates contaminées par des moisissures. Ces travaux s’inscrivent dans le projet de recherche MYNION (MYcotoxiN migratION), qui cherche à évaluer le risque de ces mycotoxines pour les consommateurs et les consommatrices, et à proposer des solutions pour limiter le gaspillage alimentaire tout en assurant leur sécurité.

Les tomates sont l’un des fruits les plus produits et consommés dans le monde avec près de 17 900 millions de tonnes en 2023. Pourtant, les tomates sont particulièrement sensibles à la contamination par des moisissures à cause de la fragilité de leur peau. Les moisissures sont des champignons microscopiques qui colonisent de nombreux supports. Elles se dispersent par la production de spores et peuvent donc contaminer et altérer les produits alimentaires. Les espèces du genre Alternaria sont très fréquemment impliquées dans la contamination, que ce soit dans les cultures, en provoquant des maladies, directement sur les fruits ou lors du stockage. 

Les espèces du genre Alternaria peuvent produire jusqu’à 70 toxines différentes, appelées mycotoxines, qui peuvent se diffuser dans le fruit, mais persistent aussi dans les produits transformés à partir de tomates contaminées car elles sont très résistantes. Certaines mycotoxines peuvent avoir des conséquences néfastes sur la santé humaine, avec des seuils de concentration à respecter, même s’il n’y a pas encore de réglementation.

Malgré leur importance et leurs conséquences potentielles sur la santé, les espèces du genre Alternaria et leurs mycotoxines, ont été jusqu’à présent peu étudiées. Cette étude, portée par une équipe de scientifiques du LUBEM, vient combler ce manque de connaissances.

36 tomates, 5 mycotoxines, 3 tailles, 2 températures

Pour étudier la contamination et la migration des mycotoxines dans les tomates, Charlotte Réant et l’équipe de recherche du LUBEM, ont infecté artificiellement des tomates en grappes avec une espèce de champignons connue pour produire des mycotoxines, Alternaria alternata. Cette espèce a été isolée à partir de tomate moisies récoltées lors d’une campagne de science participative en 2023 et qui fait maintenant partie de la collection de bactéries, moisissures et levures de la plateforme UBOCC. 

Les scientifiques ont suivi le développement de la moisissure mais aussi la production et la diffusion de 5 mycotoxines dans le fruit, en profondeur et en surface, et dans différentes conditions de stockage, mimant des pratiques des ménages.

Pour mener à bien ces suivis, 36 tomates issues de l’agriculture biologique, cultivées chez un producteur local, ont été sélectionnées, puis lavées à l’éthanol pour éviter d’autres contaminations. Les spores de l’espèce Alternaria alternata ont ensuite été inoculés dans le fruit avec une seringue. Les 36 tomates sont réparties en différents lots avec deux températures de stockage différentes : à 8°C et à 20°C. 

Le développement des moisissures, engendrées par le champignon, provoque des lésions, qui sont suivies quotidiennement. Celles-ci vont s’étendre au fur et à mesure qu'elles se développent et colonisent le fruit en surface et en profondeur. 

Le suivi s’arrête à différentes étapes selon la taille de la lésion : 1, 2 et 3 cm de diamètre. Les tomates sont ensuite coupées en tranche de 1 cm aussi bien en largeur qu’en profondeur depuis la lésion. Des prélèvements sont effectués dans chaque tranche pour analyser la présence de mycotoxines, et ainsi suivre leur migration en 3D dans le fruit.

Des toxines toujours présentes… mais pas partout

L’analyse des données récoltées dans les tomates contaminées par Alternaria alternata permettent de distinguer les conditions qui favorisent son développement, comme la production de mycotoxines.

Tout d’abord, la température de stockage influence le temps d’apparitions des premiers mycéliums, les filaments blancs témoins visibles du développement de la moisissure. Chez les tomates stockées à 8°C, ils apparaissent après environ 8 jours d’incubation, alors que pour les tomates stockées à 20°C, ils peuvent apparaître dès le premier jour.

L’équipe de recherche s’est ensuite concentrée sur l’analyse des mycotoxines présentes, leur concentration selon la taille de la lésion et la distance par rapport à la lésion.

Les résultats montrent que des mycotoxines sont présentes dans toutes les tomates contaminées, quelle que soit la taille occupée par la moisissure. Ainsi, dès que Alternaria alternata contamine une tomate, elle produit des mycotoxines qui se diffusent dans la chair et le jus des fruits. En revanche, le nombre de mycotoxines différentes, leur concentration et leur diffusion dans le fruit varient selon les conditions.

A 8°C, on observe généralement moins de toxines produites (entre 2 et 3), alors qu’à 20°C, 4 à 5 sont présentes.

Ensuite, plus la moisissure s’étend, plus les mycotoxines se diffusent dans la tomate.

Comme le montre la figure, quelles que soient les conditions de stockage, lorsque le champignon s’étend sur 1 ou 2 cm, les mycotoxines se diffusent à la même échelle en profondeur. Lorsque l’on s’éloigne des zones infectées, la concentration en mycotoxine peut réduire de 99,8%. 

En revanche, lorsque la zone atteinte par le champignon atteint 3 cm ou plus, les mycotoxines sont présentes dans l’ensemble du fruit. Pour certaines toxines, le taux de concentration à proximité de la lésion peut dépasser les seuils d’exposition recommandé par l’UE.

Couper plutôt que jeter… mais pas toujours

Cette étude est la première à s'intéresser à la contamination des tomates par Alternaria alternata et à la migration des mycotoxines produites dans les fruits. Les résultats obtenus permettent d’établir des recommandations pour consommer des tomates contaminées en toute sécurité et permettant ainsi de réduire le gaspillage alimentaire. 

À partir des données analysées, les scientifiques peuvent établir qu’il n’y a plus de mycotoxine à 1 cm d’une lésion d’1 cm et à 2 cm d’une lésion de 2 cm. Ils recommandent ainsi de retirer une portion du fruit entre 1 et 2 cm autour de la zone contaminée en largeur et en profondeur avant de le consommer. En revanche, lorsque la moisissure atteint 3 cm ou plus, des mycotoxines peuvent être détectées dans tous le fruit, il est donc recommandé de ne pas le consommer.

La température de stockage peut également limiter l’apparition et le nombre de mycotoxines, ainsi que le développement fongique, il est recommandé de conserver les tomates au réfrigérateur.